绿色产业集聚区分“一核三片”，涵盖市本级及3县2区的开发区共6个主体单位，改革之前，集聚区管委会设在市发改委，只能作为上下政策衔接的协调机构，没有实体化运作，难以发挥实质性作用。多主体分散开发的模式，存在行政资源难调配、土地资源难集中、投入效益难显现等诸多弊端，迫切需要改革。
　　第一个阶段：2012年底实施开发主体体制改革，实现从多头分散向统一集聚转变。
　　1、“四区合一”优化开发主体。将衢州绿色集聚区、国家级经济技术开发区、高新技术产业开发区、综合物流园区等“四区合一”归并为“1个平台、1张蓝图、1套班子、多块牌子”，在全省率先实现区域内各类园区的整合运行和集聚区的实体化运作，实现市级各产业平台的资源、职能、机构、人员等由分散向统一转变。
　　2、充分授权优化办事效率。经过三次授权，市委市政府共下放给集聚区166项行政审批及公共管理职能，其中市政府专门下发针对集聚区的授权文件《关于授予衢州绿色产业集聚区管理委员会部分公共管理权限的通知》，通过委托授权、管辖授权、见章跟章、委托派驻机构办理等方式，下放了23个市级职能部门的143项权限，使我区成为全省和周边地区授权最彻底、最充分的开发区。
　　3、精简机构优化人员配置。将整合之前的30个部门精简为16个内设部门，新增行政审批办、人才办、统计局、安监局等专业部门，行政职能更加完善；事业单位从1个增加到9个，完善了市政园林、产业研究、土地储备等机构，使集聚区各项工作有专业部门负责，工作落实更加到位；下设4个国有企业，分别为园区基础设施建设、低丘缓坡综合开发利用、综合物流园区开发等提供融资和设施配套服务。整合后，全区共有机关事业编制166个、均比省内外其他集聚区、开发区少。
　　第二阶段：2014年初实施运营管理体制改革，实现从分散交叉向扁平高效转变。
　　1、实行管委会大部制，机关“瘦身”。做精做小管委会层面的机构设置，将上一次改革阶段成立的27个部门整合为综合办公室（宣传部）、人力资源部（组织部）、投资促进部（市工业项目决策咨询服务办公室）、经济发展部、社会发展部等9个大部门，管委会层面精减机构约70%。2017年初，又实行“6+1”组团式工作机制，成立党务、经济发展、平台建设、乡村振兴等六大组团及绿发集团，由六个组团统筹协调9个内设部门和18个派驻部门，由绿发集团负责企业服务、平台建设、产业培育等职能，实现全区资源整体打通、整体协同、整体推进。
　　2、逐步做实公司职能，业务下沉。围绕“业务执行、要素支撑、投资运营”职能，按照现代企业的运行模式，设立衢州绿色发展集团有限公司，重点强化产业招商、企业服务职能，保障平台建设职能，加强经营职能。集团公司在资产管理、人事等方面相应的管理自主权，下属机构及子公司今后可根据职能任务和业务拓展的需要设置或调整，体现市场化、经济性，适应企业上市需要。
　　3、实施减员增效，服务外包。根据事权下移、人员下沉的要求，对管委会机关事务和人员开展“瘦身”运动，可以下放给集团公司的事务一律下放、可以市场购买的服务一律外包。管委会各部机关仅保留约1/3的干部职工，其余干部职工通过“提前退休一批、调离一批、解聘一批、待岗培训一批”等渠道进行精减，或充实到集团公司下沉到招商引资、项目建设、企业服务一线。
　　4、创新人事管理，全员应聘。实行“身份归档、全员应聘、每年一签、绩效工资” 的运行模式，打破身份、职级、职称等传统用人标准，对委领导开展竞争性认领岗位、中层干部实行竞争上岗、一般干部实行双向选择，按照5%的差额设定岗位。现有干部职工身份性质、职务职级、编制、职称、工资等均作为档案保留，对外身份和待遇按新聘岗位及职务确定。原集聚区管委会、下属事业单位机构、编制、职数保留进档，作为干部身份归档依据。
　　5、搞活薪酬体系，绩效挂钩。引进第三方薪酬咨询中介服务公司，参照市国资改革薪酬上限标准，按照现代企业管理模式进行薪酬设计。近几年来，集聚区面向全国公开招聘引进了26名安全监管、产业研究、工程规划、资本运营等方面的专业性人才，这些专业性人才均按市场化模式确定薪酬待遇。（衢州绿色产业集聚区、市发改委）